RENKU, plateforme du Swiss Data Science Center pour la Science Ouverte

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A l’heure où de nombreuses universités réputées considèrent la Science Ouverte comme une priorité stratégique, la science des données fait encore figure de parent pauvre en termes de d’outils dans ce domaine.

Ceux qui sont disponibles, et ils sont nombreux, ne rendent en effet pas compte des méthodes, processus ou standards de documentation inhérents aux différents cycles de recherche, pourtant tous cruciaux afin de garantir la reproductibilité, la réusabilité, ainsi que les débats autour des résultats publiés.

Même si l’on constate dans l’industrie et les institutions universitaires un engouement considérable pour le développement de plateformes ayant pour but de répondre aux besoins de la recherche reproductible, il n’existe à ce jour toujours pas d’outil ou de vision de science des données véritablement intégrés, capables d’assurer la traçabilité de la recherche, et donc in fine la promotion d’une science ouverte et reproductible par des tiers.

Fort de son expérience de projets dans les domaines aussi bien académique qu’industriel, le Swiss Data Science Center (SDSC) développe RENKU (https://datascience.ch/solutions/), une plateforme de sciences des données novatrice et à même de s’attaquer aux défis technologiques posés par les principes de science ouverte et reproductible prônés par un nombre croissant de chercheurs.

La plateforme RENKU (qui signifie poésie collaborative en japonais) propose une traçabilité et transparence totales permettant à des scientifiques n’ayant pas participé à une étude de valider la qualité et la véracité de ses résultats.

La plateforme est conçue pour encourager les meilleures pratiques promouvant les principes FAIR (Findable, Accessible, Interoperable et Reusable) et depuis septembre 2018 RENKU est disponible en test dans une version beta pour toute la communauté scientifique en tant que service cloud.

Dans ce cadre, le SDSC et la faculté des Sciences de la Vie (SV) ont initié le développement d’un service computationnel de gestion et d’analyse des données, hébergés par la faculté. Il servira de projet-pilote pour les systèmes d’analyse biologique au sein du domaine des sciences de la vie, par exemple en génétique ou en neurosciences des systèmes cognitifs.

Grâce à cette approche novatrice, RENKU interagira avec l’écosystème des technologies de l’information SV, offrant ainsi une expérience utilisateur transparente de bout en bout, de la collecte des échantillons à la diffusion des résultats.

L’objectif est de normaliser et faciliter la publication de résultats reproductibles. Le cadre qui en découlera devrait permettre d’établir de bonnes pratiques de recherche respectant le principe de science ouverte, pour l’EPFL et au-delà, et ainsi servir toute la communauté scientifique.

La science ouverte à l’EPFL

Ces efforts de la part du Swiss Data Science Center (SDSC) représentent un exemple parmi une multitudes d’initiatives qui fleurissent sur le campus et qui ont toutes pour but de rendre les résultats de la recherche scientifique accessibles à tous pour qu’ils bénéficient au plus grand nombre.

Appelé science ouverte, ce mouvement est en train de transformer le monde scientifique à une échelle globale. Et les chercheurs de l’EPFL ne sont pas en reste. Ils adoptent de plus en plus les pratiques promues par la science ouverte, par exemple en publiant leurs découvertes dans des revues en libre accès (Open Access). Ils utilisent – ou développent – aussi des plateformes et standards qui visent à faciliter la dissémination des résultats de leurs recherches, qu’il s’agisse de données, d’algorithmes, de méthodes ou d’instruments.

Ces nouvelles habitudes qui émergent au sein des diverses communautés scientifiques sont, entre-autres, la conséquence directe de la digitalisation de la recherche dans son ensemble, et de l’utilisation généralisée d’internet. Cela permet de maximiser l’impact d’une découverte sur la recherche d’autres scientifiques, mais aussi celui sur la société en général.

Pour soutenir les changements culturels nécessaires, souvent complémentaires aux aspects technologique, des mesures ont été mises en place par la direction de l’École. Parmi celles-ci, un Fonds doté de 3 million de francs a été annoncé pour permettre aux chercheurs du campus d’explorer le potentiel et les défis de la science ouverte . La première volée de projets verra le jour durant l’année 2019. Une nouvelle page Web dédiée au sujet est aussi en ligne et fournit aux visiteurs des informations utiles, en particulier sur les services proposés par la bibliothèque, ainsi que sur des événements traitant du sujet.

Au niveau stratégique, le sujet est entre les mains d’un comité de membres du corps professoral et administratif mis en place à la fin de l’année passée. Présidé par la professeure Katrin Beyer, le groupe de travail renseigne et conseille la direction de l’EPFL, en particulier sur les priorités et de possibles implémentations. Leur première série de recommandations, partagées durant l’été 2018, ont mis en évidence l’importance de s’engager selon trois axes : les infrastructures, et en particulier celles pour stocker, gérer et partager les données ; la communication, pour rendre les chercheurs attentifs aux enjeux de la transformation en court ; l’enseignement des outils et compétences nécessaires à l’adoption des bonnes pratiques, pour permettre à la science ouverte d’avoir l’impact escompté.

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